Wie in der Antike beten die Karaim auch heute noch in ihren Gebetshäusern, die Kenesa genannt werden. Der Altar befindet sich im Süden der Kenesa, und dort werden auch die verstorbenen Karaim begraben. Es wird gesagt, dass sich im Süden der Karaim -Glaube entwickelt hat.
Die Wände und Decken der Kenesa sind in der Regel mit geometrischen und pflanzlichen Ornamenten verziert, da religiöse Dogmen die Darstellung jeglicher anthropomorpher Bilder verbieten, genauso wie Gott keine menschliche Gestalt haben kann.
Wie in anderen östlichen Religionsstätten beten Männer und Frauen getrennt. Die Männer beten im Hauptsaal der Kenesa, während die Frauen sich in einem separaten Raum auf der Empore beten, die über seitliche Treppen erreichbar ist. In der Kenesa müssen alle ihre Köpfe mit einer Kopfbedeckung bedecken. Beim Betreten der Kenesa mussten die Menschen sauber sein - wenn sie von weiter her kamen, mussten sie Wege finden, um ihre Hände zu waschen. Übrigens gingen die Menschen in früheren Zeiten barfuß oder mit einfachem Schuhwerk zur Kenesa und zogen beim Betreten saubere Festtagsschuhe an.
In der Kenesa von Trakai stand der Altar, der gemäß der Tradition des karaimischen Gebetshauses nach Süden ausgerichtet sein sollte, auf einer Erhöhung und war mit Säulen verziert, auf denen Zitate aus der Bibel standen. Eindrucksvoll sind die blau bemalten gewölbten Decken der Kenesa.
Die hölzerne Kenesa von Trakai, die Ende des 14. Jahrhunderts erbaut wurde, hat mehrmals gelitten. Es gibt nur drei Fenster, obwohl normalerweise zehn vorhanden sein sollten. Um die jährlichen Feiertage festzulegen, haben die Karaim einen eigenen Mondkalender. Die Feiertage werden am besten am Samstag, dem Ruhetag, gefeiert.
Während der Sowjetzeit fanden in der Kenesa von Trakai keine Gottesdienste statt, die Menschen hatten Angst, sich hier zu zeigen. Zu dieser Zeit verlegte der leitende Geistliche der Karaim in Trakai, Simon Firkovich, die karaimischen Gottesdienste in sein Haus. Allerdings fanden sie nicht mehr jede Woche statt. Die Menschen versammelten sich hier nur zu großen Feiertagen. Die Kenesa von Trakai war die einzige funktionierende in Europa, und Simon Firkovich war der einzige offizielle karaimische Geistliche, der Verstorbene zur letzten Ruhe begleitete, junge Paare traute und den Neugeborenen einen Namen gab. Alle karaimischen Hochzeitsriten fanden heimlich in seinem Haus statt.
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